EM원액이나 쌀뜨물 발효액은 마개를 잘 봉해두면 오랫동안 보관했다가 사용할 수 있어요. 사용이 가능한지의 판단은 냄새로 알 수 있어요. EM원액은 시큼한 냄새, 쌀뜨물 발효액은 시큼하고 막걸리 비슷한 냄새가 나면 이상이 없는 것입니다. 마개를 자주 열면 가능한 빨리 사용하는 것이 좋아요. EM원액이나 쌀뜨물 발효액의 보관은 상온에서 보관하면 되고 마개를 잘 봉해두면 됩니다. 일단 한 번 사용하시기 시작하면 빨리 사용하는 것이 좋아요. 일반적으로 EM원액의 보존기간은 8개월, 쌀뜨물 발효액의 보존기간은 미개봉시 1년 이상이며, 물에 희석한 쌀뜨물 발효액은 가능한 빨리 사용하는 것이 좋아요. 그러나 온도나 보관 장소 등 환경조건의 변화, 균의 활성 저하, 뚜껑 여닫음, 가스 누출 등에 의해 잡균의 접촉 기회가 증가함으로써 효과(품질)가 떨어지죠. 따라서 완성 후에는 균체가 활성화된 고품질 상태인 쌀뜨물 발효액을 될 수 있는 한 빠른 시일 내에 사용하여야 높은 효과를 얻을 수 있겠죠